1、通过马德里方式在共同体注册商标，不计基础费，只计单独规费，是17000人民币左右，相比以单独方式在共同体注册的30000元人民币左右的费用，要便宜很多，但以马德里方式在共同体申请注册，如果遇到审查意见要答复，就需要额外缴纳费用。
2、通过马德里方式在共同体注册商标受到中心打击原则的限制，例如，申请人在国内的基础申请被驳回，就会连累到通过马德里方式提交的共同体注册申请，使之处于危险的境地。
3、直接向内部市场协调局提交的共同体商标申请可以指定三个类，按一件商标缴费，但通过马德里方式指定共同体不一定能享受这种待遇。